A Comparison Framework for Walking Performances using aSpaces

In this paper, we address the analysis of human actions by comparing different performances of the same action executed by different actors. Specifically, we present a comparison procedure applied to the walking action, but the scheme can be applied to other different actions, such as bending, running, etc. To achieve fair comparison results, we define a novel human body model based on joint angles, which maximizes the differences between human postures and, moreover, reflects the anatomical structure of human beings. Subsequently, a human action space, called aSpace, is built in order to represent each performance (i.e., each predefined sequence of postures) as a parametric manifold. The final human action representation is called p-action, which is based on the most characteristic human body postures found during several walking performances. These postures are found automatically by means of a predefined distance function, and they are called key-frames. By using key-frames, we synchronize any performance with respect to the p- action. Furthermore, by considering an arc length parameterization, independence from the speed at which performances are played is attained. As a result, the style of human walking can be successfully analysed by establishing the differences of the joints between a male and a female walkers

Búsqueda de ancentros comunes entre genomas de diferentes especies

La cerca de similituds entre regions de diferents genomes ofereix molta informació sobre les relaciones entre les especies d'aquest genomes. Es molt útil per a l'estudi de la conservació de gens d'una especia a un altre, de com les propietats d'un gen son assignades a un altre gen o de com es creen variacions en genomes diferents durant l'evolució d'aquestes especies. La finalitat d'aquest projecte es la creació d'una eina per a la cerca d'ancestres comuns de diferents especies basada en la comparació de la conservació entre regions dels genomes d'aquestes especies. Per a una comparació entre genomes mes eficaç una part important del projecte es destinarà a la creació d'una nova unitat de comparació. Aquestes noves unitats seran superestructures basades en agrupació dels MUMs existent per la mateixa comparació que anomenarem superMUMs. La aplicació final estarà disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.esLa búsqueda de similitudes entre regiones de diferentes genomas aporta mucha información sobre las relaciones entre las especies de estos genomas. Es muy útil para el estudio de la conservación de genes de una especie a otra, de cómo las propiedades de un gen son asignados a otro gen o de cómo se crean variaciones en genomas diferentes durante la evolución de esas especies. La finalidad de este proyecto es la creación de herramientas para la búsqueda de ancestros comunes de distintas especies basada en la comparación de la conservación entre regiones de los genomas de dichas especies. Para una comparación entre genomas más eficaz una importante del parte del proyecto se dedicara a la creación de una nueva unidad de comparación. Estas nuevas unidades serán superestructuras basadas en agrupaciones de los MUMs existentes de la misma comparación que llamaremos superMUMs. La aplicación final estará disponible en el servidor: http://revolutionresearch.uab.esThe search for similarities between regions of different genomes provides much information on the relationships among species of these genomes. As the study of conservation of genes from one species to another, how the properties of a gene are assigned to another gene or how to create variations in different genomes during the evolution of these species. This project describes the creation of tools to search for common ancestry of different species based on a comparison of conservation among regions of the genomes of these species For a more effective comparison of genomes a part of the project will be dedicated to the creation of a new unit of comparison. These new units will be superstructures based on groupings of existing MUMS called superMUMs. The final application will be available at the server: http://revolutionresearch.uab.e

Human action recognition based on estimated weak poses

Altres ajuts: Avanza I+D ViCoMo (TSI-020400-2009-133) and DiCoMa (TSI-020400-2011-55)We present a novel method for human action recognition (HAR) based on estimated poses from image sequences. We use 3D human pose data as additional information and propose a compact human pose representation, called a weak pose, in a low-dimensional space while still keeping the most discriminative information for a given pose. With predicted poses from image features, we map the problem from image feature space to pose space, where a Bag of Poses (BOP) model is learned for the final goal of HAR. The BOP model is a modified version of the classical bag of words pipeline by building the vocabulary based on the most representative weak poses for a given action. Compared with the standard k-means clustering, our vocabulary selection criteria is proven to be more efficient and robust against the inherent challenges of action recognition. Moreover, since for action recognition the ordering of the poses is discriminative, the BOP model incorporates temporal information: in essence, groups of consecutive poses are considered together when computing the vocabulary and assignment. We tested our method on two well-known datasets: HumanEva and IXMAS, to demonstrate that weak poses aid to improve action recognition accuracies. The proposed method is scene-independent and is comparable with the state-of-art method

Providing automatic multilingual text generation to artificial cognitive systems

This contribution addresses the incorporation of a module for advanced user interaction into an artificial cognitive vision system to include the human-in-the-loop. Specifically, the document describes a method to automatically generate natural language textual descriptions of meaningful events and behaviors, in a controlled scenario. One of the goals of the system is to be capable of producing these descriptions in multiple languages. We will introduce some relevant stages of the whole system, and concentrate on the linguistic aspects which have been taken into account to derive final text from conceptual predicates. Some experimental results are provided for the description of simple and complex behaviors of pedestrians in an intercity crosswalk, for Catalan, English, Italian, and Spanis

Bioinformática : identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.Aquest treball desenvolupa el procés de disseny i implementació d'una interfície web que permet l'exploració detallada de les relacions entre genomes complets. La interfície permet la comparació simultània de nou genomes, representant en cada gràfica les relacions entre cada parell de genomes junt els gens identificats de cadascun d'ells. És capaç de treballar amb genomes del domini Eukaryota i s'adapta a la capacitat de còmput de la màquina client. La informació representada són MUMs (Maximal Unique Matching, seqüència màxima i única trobada en tots dos genomes) i SuperMUMs (agrupació de MUMs mitjançant Approximate String Matching). Les dades són prèviament calculades i accessibles des d'un servidor web.This work develops the process of designing and implementing a web interface that allows detailed examination of the relationship between complete genomes. The interface allows simultaneous comparison of nine genomes, each graph is representing the relationships between each pair of genomes with the genes identified for each of them. Able to work with domain Eukaryote genomes and adapts to the computing capacity of the client machine. The information represented are MUMs (Unique Maximal Matching, maximum and unique sequence found in both genomes) and SuperMUMs (MUMs grouping by Approximate String Matching). The data is pre-calculated and accessible from a web server

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/Hay varios métodos de análisis que llevan a una agrupació global de la serie de muestras de microarrays, como Self-Organizing Maps, o que realizan agrupaciones locales considerando sólo un subconjunto de genes coexpressados, como Biclustering, entre otros. En este proyecto se ha desarrollado una aplicación web: el PCOPSample-cl, es una herramienta que pertenece a los métodos de agrupación (clustering) local, que no busca subconjuntos de genes coexpresados (análisis de relaciones lineales), sino pares de genes que ante cambios fenotípicos su relación de expresión sufre fluctuaciones. El resultado de PCOPSample-cl seran la distintas distribuciones finales de clusters y los pares de genes involucrados en estos cambios fenotípicos. Estos pares de genes podran ser estudiados para encontrar la causa y efecto del cambio fenotípico. Ademàs, la herramienta facilita el estudio de las dependencias entre las diferentes distribuciones de clusters que proporciona la aplicación para poder estudiar la intersección entre clusters o la aparición de subclusters (2 clusters de una misma agrupación de clusters pueden ser subclusters de diferentes distribuciones de clusters). La herramienta está disponible en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es/There are several analytical methods that perform a global clustering of the microarray sample series, such as Self-Organizing Maps, or which perform local clusterings considering only a subset of coexpressed genes, such as Biclustering, and so on. The PCOPSample-cl belongs to the local-clustering methods, but not considering subsets of co-expressed genes if not considering only pairs of genes whose expression dependence suffers a fluctuation due to a phenotype change. The phenotypes involved in the phenotype change will constitute de final sample clusters. The pairs of genes whose expression dependence suffers the phenotype change are provided together with the sample-clusters arrangement they belongs. These pairs of genes can be used to study the cause or the effect of the phenotype changes. The different sample-culster arrangements can be compared to determine their dependence: cluster-intersection or subclusters (two clusters of one cluster arrangement can be subclusters of other cluster of a different cluster arrangement). The webtool is available at the server: http://revolutionresearch.uab.es

Bioinformática : base de datos de matrices de expresión génica para su análisis vía web

El IBB ha desarrollado un servidor de aplicaciones: http://revolutionresearch.uab.es para el análisis de microarrays. Estas microarrays las obtienen y las suben a la base de datos local los usuarios de la aplicación. En la presente memoria se detalla el proceso realizado para automatizar la subida de microarrays públicas a la base de datos local. Estas microarrays se obtendrán del NCBI. El proceso de descarga de microarrays se realizará cada dos meses y estará sincronizado con un proceso de descarga de genes marcadores de microarrays del NCBI. En la memoria también se describen las fases realizadas para crear la interfaz web para gestionar estas microarrays públicas y las modificaciones realizadas sobre el aplicativo web para permitir realizar análisis con estas microarrays.L' IBB ha desenvolupat un servidor d'aplicacions: http://revolutionresearch.uab.es per l'anàlisi de microarrays. Aquestes microarrays les obtenen y les pugen a la base de dades local els usuaris de l'aplicació. En la present memòria es detalla el procés realitzat para automatitzar la pujada de microarrays públiques a la base de dades local. Aquestes microarrays s'obtindran del NCBI. El procés de descarrega de microarrays es realitzarà cada dos mesos y estarà sincronitzat amb un procés de descarrega de gens marcadors de microarrays del NCBI. A la memòria també es descriuen las fases realitzades per crear la interfície web para gestionar aquestes microarrays públiques y las modificacions realitzades sobre l'aplicatiu web per permetre realitzar anàlisis amb aquestes microarrays.The IBB center has developed a application server: http://revolutionresearch.uab.es to analyze the microarrays. These microarrays are obtained and uploaded to the local database by the application users. This report details the process undertaken in order to automate the public microarrays upload to the local database. These microarrays will obtain from the NCBI. The download process will perform every two months and will be synchronized with a download process of gene markers of the NCBI. The report also describes the steps taken to create the web interface to manage these public microarrays and the changes made on the web application to allow these microarray analysis